После сезона 2005 подал в отставку Анатолий Бышовец, и в Томь вернулся Валерий Петраков. Сезон 2006 начался лучше некуда! В этом помогла хорошая предсезонная подготовка, часть которой прошла в Украине, где проводилась тренировочных занятий и контрольных матчей команды. После первого тура, в котором Томь победила московское Торпедо в Москве со счетом 2:1, Томь оказалась на первом месте по лучшей разнице мячей. Во втором туре Томь на своем поле победила московское Динамо 1:0, которое в межсезонье усилилась такими высококлассными футболистами как Смертин, Семшов, Овчинников, Хохлов. А после победы над Шинником Томь впервые в истории стала единоличным лидером Чемпионата России. Это стало лучшим достижением за всю историю команды.
Справочные данные: Футбольный клуб ТОМЬ. Год основания: 1957г. Прежние названия: Буревестник(1957), Томич(1958), Сибэлектромотор(1959-1960), Томич(1961-1963), Торпедо(1964-1967), Томлес(1968-1973), Торпедо(1974-1978), Манометр(1979-1987), Томь (с 1988). Лучший бомбардир клуба: Виктор Себелев - 80 мячей. Рекордсмен клуба: Сергей Краснослободцев – более 400 матчей. Высшее достижения: В чемпионате России: 10-е место(2005) в Премьер-лиге. В кубке России: 1/8 (1997/98, 1998/99, 2002/03, 2003/04.). В чемпионате СССР: 2-е место в зоне 2-й лиге (1971). В кубке СССР: 1/8 (1959/60). К концу 2005 года сыграно 1618 официальных матчей в чемпионате страны и 38 в кубке России.
